Chùa Hội Khánh được khởi công xây dựng vào năm 1741 và đến đến năm 1861 ngôi chùa đã bị chiến tranh thiêu hủy. Nhưng đến năm 1868, chùa đã được xây dựng lại với quy mô như hiện nay. Từ khi xây dựng đến nay, ngôi chùa đã được tu bổ nhiều lần và trải qua nhiều đời trụ trì. Vào Năm 2007 chùa xây dựng thêm ngôi tháp 7 tầng cao 27 mét và tái tạo lại Phật tích “Tứ động tâm”, bao gồm: Bồ Đề Đạo Tràng (nơi Phật thành đạo), Vườn Lâm Tì Ni (nơi Phật ra đời), Vườn Lộc Uyển (nơi Phật thuyết đầu tiên), Ta La Song Thọ (đức Phật nhập niết bàn) có ý nghĩa rất sâu sắc về mặt đạo pháp.
Đặc biệt, không chỉ có ý nghĩa về mặt đạo pháp mà ngôi chùa còn có ý nghĩa về mặt lịch sử. Nơi đây gắn liền với hoạt động cách mạng của cụ Nguyễn Sinh Sắc (thân sinh Chủ tịch Hồ Chí Minh). Năm 1923 – 1926 tại đây cụ Nguyễn Sinh Sắc đã cùng với cụ Phan Đình Viện và Hòa thượng Từ Văn sáng lập ra Hội Danh Dự. Sau cách mạng tháng Tám năm 1945, Chùa trở thành trụ sở Hội Phật giáo cứu quốc Thủ Dầu Một. Từ năm 1953, chùa là trụ sở Phật giáo yêu nước tỉnh Bình Dương và đến năm 1983 chùa trở thành trụ sở của tỉnh Hội Phật giáo Bình Dương.